【LIFE-L-0003】网络研讨会: 《基于多组学的SARS-CoV-2变体的免疫印记研究及机器学习生信分析方法》(20240131) 会议信息: 研讨会记录1-超高通量单细胞多组学分析(辛弘毅): 第一项工作:GMM-Demux可用于检测多细胞液滴造成的假阳性 1.背景介绍:测序时通量和假阳性相互矛盾:高通量时如果液滴将不同类型的细胞封装在一起,那么可能带来假阳性现象(以为发现了新细胞类型但实际上没有) 2.使用染色技术cell hashing识别并删除多细胞液滴MSM,提出三个任务: 1.找到多细胞液滴:使用高斯混合模型拟合细胞颜色分布 2.计算删除这些找到的多细胞液滴后剩下的多细胞液滴:多种染色但是颜色相同的多细胞液滴无法被删除,因此可以建立概率模型进行评估 3.评估:计算后可以建立假设检验模型判断新发现的细胞类型是否真实存在还是由于多细胞液滴造成的假阳性。 第二项工作:多细胞液滴辅助的表达调节算法 背景介绍: 既不能不进行标准化,也不能假设液滴中的细胞数基本一致,因此考虑到使用多细胞液滴作为质控工具 使用多细胞辅助质控,最终让原本一半上升一半下降的结果变成更加真实的情况。例如下图中的Eef2,Cd47等基因在RPKM分析中基本不变但是实际上全都上调。 第三项工作:结构化亚型分类TAMER 背景介绍: 希望亚型分类时不但能找到marker,而且能够结构化。 重点: 1.找marker:看基因对比看单个基因更容易区分出不同的细胞型,利用这种互斥性寻找基因对 2.找大类亚型的关系:建立算法将可能是同一个细胞型的基因识别出来 3.找大类的层次化关系:大类关系可以利用此图的补图实现(如果两个基因是大类关系那么久不存在互斥,例如T细胞亚型和其子集的亚型不互斥) 研讨会记录2-免疫印记(阿伊斯·伊斯马衣): 背景介绍 免疫逃逸是指病毒不断发展出变种逃逸原先的抗体;免疫印记是指在多次感染后人的免疫谱越来越杂,也即“免疫原罪”。 结果1:COV2存在免疫印记 首先发现在接种疫苗的志愿者中有比较强烈的免疫印记现象 接下来又发现接种疫苗的人群感染后大部分特异性细胞来自于原先感染的,具有WT特异性 结果2:改良疫苗 在小鼠上先后打原始株疫苗和Omicron变种株疫苗,发现小鼠也存在免疫印记,并且这种现象在加长时并没有明显改善 又尝试有间隔的打两针变种疫苗,发现3个月之后打第二针带来了非常好的效果 在人中进行类比,发现重复感染时的滴度明显提升,间接说明两针比一针效果好 同样比较流式的结果可以发现两次感染比一次感染效果好 *高通量深度突变扫描技术deep mutational scanning 该技术可以知道RBD什么位点的哪个位置突变能够导致抗体不再结合,因此这种技术结合聚类结果能够较准确的反映出不同抗体的特点 Filed under: L,LIFE - @ 下午3:49 « 【LIFE-W-0006】20种氨基酸信息全汇总 ⇐ More Pages ⇒ 【LIFE-A-0004】Probabilities of developing HIV-1 bNAb sequence features in uninfected and chroni cally infected individuals »